一款小而美序列拼接软件——Chromas Pro

Chromas Pro，可以用来拼接测序结果，借助G+C框架图，翻译OFRs，复制色谱图界面的图形用于演示或发表等诸多功能。略显复杂但是非常实用，百度搜索Chromas Pro找到本软件资源并下载安装，亦可尝试以下亲测网站：

http://www.121down.com/soft/softview-83737.html

1.按照提示安装软件并打开，点击菜单栏Options—Setting—如下图设置默认参数（仅第一次打开需要设置）

2.新建一个文本文档，写入测序引物，或载体两端序列，如下格式编辑成fasta格式，保存后修改文件后缀.txt为.fasta（可将多个引物序列写入同一个fasta文件，对几组不同的测序结果进行拼接）

3.点击菜单栏File—New—Squencing Project打开工作窗口

4.导入引物文件，Project—Add File，找到并打开步骤2建的fasta格式的文件。按照此步骤导入待拼接文件（*.ab1,为方便浏览，可先为原测序文件改名）

5.拼接序列，Project—Assemble all，完成后出现下图所示结果则拼接成功。

6. 双击Contig1打开拼接结果，主要有第一行的拼接结果，以及原始测序结果及其对应的峰值图

7.由于测序的误差性，拼接结果会出现不一致碱基。程序会依据峰值图给出建议，以黑底白字显示，一般程序给的建议都是正确的。人工予以确认，Edit—Marker As Correct，程序会自动跳至下一个差异处。若不接受程序建议，也可直接选中错误碱基，直接人工修改。直至所有差异性碱基确认完毕。（关于差异性碱基的修改原则此处不多加赘述）

8.Ctrl+A全选第一行的拼接序列，点击Edit—Copy in FASTA Format复制拼接结果，新建一个TXT或word文件粘贴即可。需要注意的是，此处粘贴出来的序列可能为反相序列，点击Edit—Revese+Complement即可反转

对于以上内容若有不清楚的地方，或者需求软件资源，差异性碱基的修改原则等任何问题均可留言或联系作者