利用在线资源进行密码子优化，重组蛋白表达从这里开始

随着基因合成技术的不断进步,基因合成的成本大大降低,对于难于从标本扩增获取的核酸序列,直接委托专业公司进行合成,也许更节约科研成本和科研时间。目前重组蛋白表达更依赖于基因合成，许多科研工作者即使获取了原始基因的DNA模板，也不愿意用这个模板去构建表达质粒载体，原因是密码子偏爱性问题：一个真核物种编码蛋白质的核酸序列密码子，对于原核生物，比如大肠杆菌来说，往往不是最友好的；如果我们直接用原始DNA模板，往往造成重组蛋白表达不了或者表达量底；我们在不改变氨基酸序列的情况下，使用表达宿主最喜欢的那套密码子系统，这样表达的成功率和表达量都会大大提高。是不是进行了密码子优化之后重组蛋白表达就高枕无忧了呢？显然不是，这里面需要考虑的因素还很多，就像你会看化验单，熟悉药理和医学知识不能立马去当医生一样，重组蛋白是个系统活，我们会在专题进行详细阐述。本文我们讲讲如何照葫芦画瓢高效使用大公司的免费在线资源进行重组蛋白表达的密码子优化。关于重组蛋白表达，你可以随时联系我们在线技术tech@friendbio.com

那么，如何使用Thermo GeneArt在线工具geneoptimizer进行密码子优化？

1.创建帐号：

没有账号是不能使用他们的在线服务的

2.找到优化页面：

大公司网站的内容一般比较多，有时候找到也不容易，网址如下：

https://www.thermofisher.com/cn/zh/home/life-science/cloning/gene-synthesis/geneart-gene-synthesis/geneoptimizer.html，打开以后看到如下界面：

3.进入Geneoptimizer优化流程：

文字介绍繁多，快速找到入口，仔细读读文字介绍，对于更好使用这个工具也许更为有利

4.新建项目：

填写项目名称就文件夹归属，点击“开始项目”

弹出项目界面，拖动“Gene sythesis"到下方框里，准备配置项目

5.开始配置项目：

点击“Gene sythesis"，进入填写界面

6.开始配置项目

按照如下顺序配置，“*”为必填；

配置完以后，点击“优化序列”卡片，进入“优化序列”参数设置界面

序列名称：你想命啥名就写啥名字

序列类型：你输入的是蛋白序列就选择“蛋白质”，是核酸序列就选择"DNA";

生物安全分类：选“1级”和“2级”都可以；

以上填写完毕后，点击上方“优化序列”卡片；

7. “优化序列”参数设置

按照下图进行“优化序列”参数设置

保护限制性位点：根据需要选填

保护序列部件：根据需要选填

要避免的基序：根据需要选填

“优化用于”下拉框选择准备将目的基因用于什么物种的系统进行重组表达，图示选择“Eschericia coli"（大肠杆菌），293细胞表达就选择”Homo sapiens",等等

全部配置完以后，点击“优化”按钮

8. 运行“优化序列”

如上图，点击“优化”按钮，运行优化程序，根据序列长度，运行时间有所不同，请耐心等待；

9.序列总结

“序列优化”运行完之后，点击“序列总结”卡片

优化后的序列给出三种文件格式可供下载：PDF，FASTA格式，.GB格式

PDF文档最为直观

10.下载“优化结果”

下图为PDF文档格式报告，内容图文并茂，生动活泼。

关于密码子优化有很多网上资源可以供选择，比如

http://genomes.urv.es/OPTIMIZER/

每个软件的算法可能都有点区别，最核心的是利用不同物种中密码子偏爱性原理作为算法核心；做密码子优化是为了蛋白更容易表达，但是不是作了密码子优化就一定利于表达，还要考虑载体，宿主菌，蛋白质本身性质已经纯化策略和mRNA二级结构等等；关于重组蛋白表达纯化方面的问题，您可以随时联系Frdbio，我们的技术专家将为您提供更对咨询和建议。